根据欧盟委员会《可再生燃料指令》，在欧盟使用的生物燃料须符合一系列的可持续性要求，包括生物燃料的原材料不应来自生物多样性较高的地区，比如自然保护区，碳储存较高的地区如森林或泥炭地；另外生物燃料生产所用原料不应与食物和饲料作物形成竞争。
一、生物燃料可持续性认证
2011年，欧盟通过《EU-RED生物燃料可持续性认证计划备忘录》，初期批准了七个生物燃料可持续性认证计划，以帮助欧盟进行生物燃料可持续性认证，生物燃料生产和进口企业除可通过欧盟各成员国的可持续认证体系外，还可经获欧盟委员会批准的自愿性认证体系进行认证。在欧盟市场上销售的生物燃料均须进行可持续性认证。
在认证体系的审批流程方面，首先欧盟会对申请的体系进行全面检查，确认其是否满足欧盟《可再生能源指令》要求，认证计划还将验证燃料的生产地和生产方式，认证体系必须监督整条生物燃料供应链。具体要求如下：
（1）原料生产商必须满足可持续性标准；
（2）可持续性的信息必须可追溯到原料的源头；
（3）所有信息必须归档；
（4）企业参与认证体系前必须经过审核，并定期接受审核；
（5）审核员必须是外部的和独立的；
（6）审核员必须有良好专业的满足体系标准的审核技巧。
二、ISCC认证体系
国际可持续性和碳认证（ISCC）是欧盟关于生物质能源可持续认证的一个自愿机制，为德国政府所资助成立的机构，由德国联邦食品、农业暨消费者保护部授权成立针对生物质和生物质燃料制定认证的规则与秩序的国际可持续发展与碳认证单位，并且已被德国农业和食品办公室(BLE)核准，适用于生物燃料整条供应链各个环节的可持续性认证，也是欧盟内应用最广泛的一种可持续认证机制。ISCC认证于2011年开始实施。
ISCC体系又分为三个子体系，分别是：
（1）ISCC-PLUS：适用于生物化工产品、生物质原料和材料、食品饲料等生物质产业的国际可持续标准体系。ISCC正在全球范围内积极推广使用ISCC PLUS认证，以将可持续性认证扩展至食品、饲料、工艺/化学品以及其他生物能源应用（例如生物质固体）。在饲料、食品、生化等行业中通过ISSC Plus认证所提供的服务，向生产厂家、加工厂家、零售商和品牌提供了一个新机会和替代机会，以证明他们以可持续的方式管理他们的供应链的承诺。ISCC认证便利国内贸易和国际贸易，扩大了增进市场潜力的机会。
（2）ISCC-EU：欧盟委员会认可的生物质能可持续标准体系，适用于除德国以外的其它欧盟成员国的生物燃料市场。目前是欧盟内证书保有量最大的可持续认证体系。
（3）ISCC-DE：德国联邦食品、农业和消费者保护部认可的生物质能可持续标准体系，仅适用于德国境内的生物燃料市场。
